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2018年モデルで完全新型となったニンジャ400の2019年モデル（2018年10月発売）。イヤーモデルカラーとして、ブラック（エボニー）にライムグリーンのグラフィックが入ったエボニー×メタリックマグネティックダークグレーと、キャンディパーシモンレッド×メタリックマグネティックダークグレーが設定された。2011年から販売されていたニンジャ400Rの後継モデルとして、2014年に登場したニンジャ400。ニンジャ250Rがニンジャ250になったのと同様に、Rが取れた。ただし、2014年からのニンジャ400は、ニンジャ250の排気量違いというわけではない。前身のニンジャ400Rのネイキッド版であったER-4nのベースとなったER-6nのフルカウル版ER-6fの流れを汲むモデルだった。そのことは、特徴的なリアサスレイアウトからも見てとれた。以降、2015年から2017年までは、カラーチェンジを行ないながら、スペシャルエディションなどの特別カラーを設定してモデル継続され、2018年モデルでフルモデルチェンジを受けることが、2017年秋の東京モーターショーで明らかとなった。このモデルチェンジは、ニンジャ250同時に行われ、ここにニンジャ400は250と共通のプラットフォームを持つ兄弟モデルとなった。新型ニンジャ400は2018年2月発売。ABSが標準装備となり、ヘッドライトはLEDとなった。同時にSBK（スーパーバイク世界選手権）用のニンジャZX-10RRをイメージしたKRTエディションも登場した。