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2008年に登場し、日本にふたたび250ccフルカウルスポーツ人気をもたらしたニンジャ250Rがモデルチェンジし、2013年にデビューしたのがニンジャ250だった。水冷並列2気筒（パラレルツイン）エンジンを搭載するところは同じながら、大排気量クラスのニンジャ・シリーズ同様の2眼ヘッドライトとシャープなボディデザインを得ていた。中低速域から扱いやすいところはニンジャ250R同様で、大きめのタンク容量とあいまって、ロングツーリングも難なくこなしたところも同様だった。2015年からはアシスト＆スリッパークラッチを搭載している。また、スペシャルエディションが毎年のように設定され、多くがカラーリングとグラフィックが異なるのみだが、2017年モデルの特別仕様車「KRTウインターテストエディション」は、前後ラジアルタイヤの採用（標準モデルはバイアス）などの具体的な仕様の差異を持っていた。なお、海外向けモデルとして、同じ外観を持つニンジャ300もラインナップされ、250ccのニンジャという設定でみれば、単気筒で軽量なニンジャ250SL（2015年）も存在した。ニンジャ250Rの登場から10周年を迎える2018年には、フルモデルチェンジが行われることが、前年秋の東京モーターショーで発表され、2018年2月からイメージ、性能。装備を一新した新型が発売された。